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Archiv verlassen und diese Seite im Standarddesign anzeigen : DNA von Hippeastrum



Manfred_K
16.05.2008, 04:21
Ich hätte die Möglichkeit, am Wochenende die DNA von meinen Hippes bestimmen zu lassen.

http://www.provinz.bz.it/lpa/service/285.asp?redas=yes&aktuelles_action=4&aktuelles_article_id=215738

Mich interessiert, ob mir das beim verifizieren meiner
H. roseum
H. vittatum
H X Johnsonii
hilft.

Gibt es eine euch bekannte Referenzdatenbank ?

lg
Manfred

walfrieda
16.05.2008, 08:43
Ich hätte die Möglichkeit, am Wochenende die DNA von meinen Hippes bestimmen zu lassen.

http://www.provinz.bz.it/lpa/service/285.asp?redas=yes&aktuelles_action=4&aktuelles_article_id=215738

Mich interessiert, ob mir das beim verifizieren meiner
H. roseum
H. vittatum
H X Johnsonii
hilft.

Gibt es eine euch bekannte Referenzdatenbank ?

lg
Manfred

diese "Schülerversuche" dienen dazu, zu sehen wie man DNA isoliert und wie man prinzipiell damit arbeitet. Eine Analyse ist das nicht. Die DNA, die du daraus bekommst, ist nicht (zumindest nicht ohne monatelange Arbeit in einem spezialisierten Labor) dazu geeignet, irgendwelche Pflanzenarten zu bestimmen oder voneinander zu trennen. Referenzdatenbanken gibt es inzwischen für die wichtigsten Organismen, auch einige Pflanzenarten wie Reis und Mais, aber nicht so spezialisiert wie du sie bräuchtest. Da hast du keine Chance.

q6g36
16.05.2008, 10:48
Keine Ahnung was er da machen läßt aber so ein "Schülerversuch" dauer max 2 Tage und liefert mehr als 10000 bp Sequenz....

Hier (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) gehts zu ner Datenbank in die Anspruch auf Vollständigkeit erhebt (wenn ich mich recht entsinne....)


Edith: Ist wohl doch nur ne einfache Fällung mit Etoh oder Phenol...wenn ich mir den Link so anschaue..... das bringt nix... sie werdens wohl nicht durch den Sequenzer jagen dafür reicht die Zeit nicht bei unerfahrenem Publikum und einem "Tag der offenen Tür"

walfrieda
16.05.2008, 12:44
Keine Ahnung was er da machen läßt aber so ein "Schülerversuch" dauer max 2 Tage und liefert mehr als 10000 bp Sequenz....

Hier (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) gehts zu ner Datenbank in die Anspruch auf Vollständigkeit erhebt (wenn ich mich recht entsinne....)nein, diesen Anspruch gibt es nicht. Genbank enthält zwar alle bisher bekannten veröffentlichten Sequenzen, aber da die weitaus meisten Organismen nur extrem bruchstückhaft oder gar nicht sequenziert wurden, kann man diese Daten absolut nicht für eine Artbestimmung bei Pflanzen verwenden. Du musst dir das vorstellen wie einen Ozean auf dem Korken schwimmen. Die Korken sind die bekannten Sequenzen...

q6g36
16.05.2008, 13:37
Ok...ich hätte wohl schreiben sollen das versucht wird alle in Papers etc. veröffentlichen Sequenzen zusammen zu tragen... Wie bei den Pflanzen aussieht weiß ich nicht genau ich weiß nur das selbst mit relativ kleinen Sequenzbruchstücken eine Zuordnung bei uns bei E.co. bis hinunter zum Laborstamm erfolgreich war ....(zugegeben E. coli ist nun mal das Haustier schlechthin und damit 100% dokumentiert...)

haweha
16.05.2008, 14:02
1) DNA-Isolierung - entweder Flüssig/Flüssig Extraktion aus wäss. Lösuung mit Phenol/Chloroform (unmodern)
oder Festphasenextraktion (Silicagel; Fa. Qiagen hat sich verdient gemacht durch die Einführtung entsprechender Kits) - ist bedeutend sauberer.
2) PCR (Polymerase chain reaction) zur Vermehrung besonderer, als charakteristisch erachteter DNA-Abschnitte, mit den entsprechenden Primern die dafür auch DA sein müssen :D
3) Reinigung der PCR-Produkte (Elektrophorese auf Agarosegel, anschließend Festphasenextraktion)
4) Sequenzierungs-PCR anschließend Reinigung der Produkte durch Festphasenextraktion mittels Gelfiltration zur Entfernung der ungebundenen Fluoreszenfarbstoffe usw.
5) Kapillarelektrophorese mit Fluoreszenzdetektion.
http://sundoc.bibliothek.uni-halle.de/diss-online/07/07H130/t3.pdf

Das geht doch nicht an einem Tach :D

Manfred_K
18.05.2008, 19:57
Danke für Eure Antworten !

lg
Manfred